昌都從來都是康區的中心，現今的昌都地區也是康巴人的主要分布區。昌都在藏語中有兩河交匯之意，古稱“康”或“察木多”，唐代為吐蕃王朝的一部分。元、明時期，西藏昌都和四川甘孜一帶叫“朵甘思”地區，由中央王朝委任的大小部族頭人與寺廟的大喇嘛進行管理。這種格局一直持續到清朝，期間，蒙古王固始汗于明末滅白利土司后統治過昌都。清末，四川總督趙爾豐在昌都地區的一些地方實行改土歸流，一度將昌都劃歸川邊。民國時，昌都地區是西康省的一部分。簡概而言，昌都的大半部歷史其實就是土司與大呼圖克圖(大活佛)相交織而成的歷史。

　　昌都地區在歷史上曾被稱作三十九族之地，格薩爾時期也頻繁地提及當時有18個大宗(相當于縣一級的行政劃分)，由此可見康區歷史上大小土司之多。這其中影響最大的是德格和林蔥土司。

　　德格土司是吐蕃名臣噶爾·祿東贊之后，據說至今(1950年)已傳至第53代。第30代時，受元朝帝師八思巴封賜為“四德十格之大夫”，“德格”即由此得名，并演化為其統領地之地名。德格土司勢力最盛時曾先后統領今四川之德格、石渠、白玉以及西藏江達、鄧柯(已撤)、青海玉樹等地，并自封為國，稱德格王。十七世紀初，德格土司被蒙古王固始汗封賜為“德格僧王”，正式成為政教首領。

　　林蔥土司歷史悠久，相傳早在公元六世紀時便已產生，至民主改革時已傳至第89代。傳說中的藏族英雄人物格薩爾據說是林蔥家族第45或第46代祖先，他建立了強大的嶺國，開創了林蔥土司最輝煌的時期，一度成為多康地區政治、軍事力量最強大的土王。林蔥土司屬地主要在德格、石渠、白玉等地，控制著昌都地區和青海省玉樹、黃河源一帶。當時的德格土司曾長期附屬于他。林蔥家族是在元代正式受詔朝廷成為土司的。明末清初，隨著德格土司勢力的增強，林蔥土司逐漸消弱。

　　德格、林蔥土司均大力扶持宗教，并且不分教派，所轄區域內寧瑪、薩迦、噶舉、格魯及苯波五教并存，大小寺院200余座，僧尼三萬有余。康區名寺更慶寺、八蚌寺、白玉寺、竹慶寺、協慶寺等均是在土司的大力扶持下建立的，薩欽哲仁波切、蔣貢康楚仁波切、秋吉林巴仁波切等名僧也活躍此間。除宗教外，土司還十分重視文化的扶持與傳播，著名的德格印經院便是在第12代德格土司時修建的。昌都地區的印經、醫學、歷算、手工藝及民間歌舞藝術等，在當時的藏區非常發達，影響范圍極廣。

　　呼圖克圖是一種尊號，即被中央王朝政權承認并注冊的大活佛。

　　帕巴拉呼圖克圖 帕巴拉是昌都地區最具權勢和名望的大活佛，他的主寺強巴林寺是1437年(明正統二年)由黃教僧人喜繞桑布建立的。帕巴拉活佛在清順治帝時曾受封博善禪師、諾門汗等名號，1719年(清康熙五十八年)又正式受封呼圖克圖尊號，受駐藏大臣和達賴喇嘛領導，直接管轄察木多(即昌都縣一帶)地方。帕巴拉制下的強巴林寺有屬寺50多座，遍及昌都、波密及邊壩等地，極盛時有喇嘛4500余名。強巴林寺還有所謂二活佛、三活佛、四活佛等，領有世襲土地，實際都是帕巴拉的陪臣。

　　功德林呼圖克圖 功德林濟嚨呼圖克圖是清朝皇帝冊封的，八世達賴喇嘛時期由清朝委任為西藏噶廈政府攝政。1798年(清嘉慶三年)，八世達賴親政后，將八宿宗贈封功德林濟嚨呼圖克圖，實行自治管理。

　　羅登協繞呼圖克圖 民主改革前，察雅地方活佛世系已轉到第九世，名羅登協饒。這一活佛世系起于明朝，由噶舉派僧人扎巴江措開始，建有香堆寺等。1719年(清康熙五十八年)，其第四世羅桑朗杰被清朝封為呼圖克圖，統領察雅，有屬寺32座，均分布于察雅，僧眾多時有3400余名。

　　龐球呼圖克圖 白教著名圣者米拉日巴的徒弟桑吉溫于1277年建類烏齊寺，世襲寺主13代后改為轉世活佛，于第三世時受明朝嘉靖皇帝呼圖克圖封號，統領類烏齊。

　　以上寺廟都設有專門的行政管理機構，稱“拉讓”，官員有總管、大管家、宗本(相當于縣長)、甲本(相當于鄉長)等。土司和宗教勢力互為唇齒，如德格土司家族就有慣例，長子為僧，次子為俗，獨子則兼之。他們和各呼圖克圖之間有著千絲萬縷的聯系。